論文
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複数時間スケールを持つ環境適応ダイナミクス：エタノールストレス環境下での大腸菌人工進化実験における網羅的表現型/遺伝子型解析，Takaaki Horinouchi, Kuniyasu Tamaoka, Chikara Furusawa, Naoaki Ono, Shingo Suzuki, Takashi Hirasawa, Tetsuya Yomo, Hiroshi Shimizu，第48回日本生物物理学会年会，2010年09月，会議報告/口頭発表
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Transcriptome and phenome analyses of Saccharomyces cerevisiae for identifying the important genes to confer ethanol stress tolerance，Takashi Hirasawa, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu，11th International Symposium on the Genetics of Industrial Microorganisms (GIM2010)，2010年06月，国際会議（proceedingsなし）
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Development and Experimental Verification of a Genome-Scale Metabolic Model for Synechocystis sp. PCC6803，Chikara Furusawa, Yuta Kojima,Takashi Hirasawa, Naoki Ono, Tsubasa Nakajima, Hiroshi Shimizu，International Symposium on Microalgal Biotechnology-Food・Environment・Energy，2010年05月，国際会議（proceedingsなし）
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大腸菌の中央代謝系酵素遺伝子発現調節株の構築-遺伝子摂動が代謝におよぼす影響の解析に向けて，平沢 敬、臼井佑希、古澤 力、山本奈津子、森 浩禎、清水 浩，第４回日本ゲノム微生物学会年会要旨集，2010年03月，会議報告/口頭発表
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大腸菌エタノールストレス人工進化株の全ゲノム変異解析・遺伝子発現解析，堀之内貴明、玉岡邦康、古澤 力、平沢 敬、小野直亮、鈴木真吾、四方哲也、清水 浩，定量生物学の会第二回年会，2010年01月，会議報告/口頭発表
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Genome-Wide Mutational and Expression Analyses of Evolved Escherichia coli Strains Under Ethanol Stress，Takaaki Horinouchi, Kuniyasu Tamaoka, Chikara Furusawa, Takashi Hirasawa, Naoaki Ono, Shingo Suzuki, Tetsuya Yomo, Hiroshi Shimizu，The 20th International Conference on Genome Informatics (GIW2009)，2009年12月，国際会議（proceedingsなし）
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大腸菌の細胞内代謝に対する遺伝子摂動の影響の解析，臼井佑希、平沢 敬、古澤 力、山本奈津子、森 浩禎、清水 浩，第３２回日本分子生物学会年会要旨集，2009年12月，会議報告/口頭発表
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酵母を用いたL-乳酸生産に関連する遺伝子のゲノムワイドな同定，平沢 敬、大久保亜紀、竹國正矩、吉川勝徳、古澤 力、清水 浩，第３２回日本分子生物学会年会要旨集，2009年12月，会議報告/口頭発表
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A model-based analysis method for detection of single-base substitution using resequencing microarrays，Naoaki Ono, Shingo Suzuki, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu, Tetsuya Yomo，2009年11月，国際会議（proceedingsなし）
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High constitutive trehalose is required for resistance to multiple stresses in Saccharomyces cerevisiae，Siraje Arif Mahmud, Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu，Asia Pacific Biochemical Engineering Conference (APBioChEC'09)，2009年11月，国際会議（proceedingsなし）
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Flux balance analysis of Corynebacterium glutamicum using a genome-scale metabolic model，Chikara Furusawa, Yohei Shinfuku, Natee Sorpitiporn, Masahiro Sono, Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu，Asia Pacific Biochemical Engineering Conference (APBioChEC'09)，2009年11月，国際会議（proceedingsなし）
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次世代シーケンサにおけるメイトペアの距離情報を 利用した配列解析アルゴリズムの開発，小野直亮, 鈴木真吾, 古澤 力, 清水 浩, 四方哲也，2009年10月，会議報告/口頭発表
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Development of a thermodinamic model to predict hybridization on high-density oligonucleotide microarray，Naoki Ono, Shingo Suzuki Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu, Tesuya Yomo，2009年09月，国際会議（proceedingsなし）
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Genome-wide mutational and expression analysis of ethanol-tolerant Escherichia coli ，Takaaki Horinouchi, Kuniyasu Tamaoka, Chikara Furusawa, Takashi Hirasawa, Naoaki Ono, Shingo Suzuki, Tetsuya Yomo, Hiroshi Shimizu，The International Symposium on Complex Systems Biology，2009年09月，国際会議（proceedingsなし）
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Analysis of stochasticity in promoter activation by using a dual-fluorescence reporter system，Jianhong Ou, C. Furusawa, T. Yomo and H. Shimiz，Biosystems，97(3), 160-164，2009年09月，学術論文
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タイリングアレイを用いたエタノール耐性大腸菌株のゲノム変異解析，玉岡邦康、堀之内貴明、古澤力、平沢敬、小野直亮、鈴木真吾、四方哲也、清水浩，第61回日本生物工学会大会要旨集，2009年09月，会議報告/口頭発表
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メイトペア情報に基づいた次世代シーケンサによるresequencing解析アルゴリズムの開発，小野直亮、鈴木真吾、古澤力、清水浩、四方哲也，第61回日本生物工学会大会要旨集，2009年09月，会議報告/口頭発表
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Improvement of L-Lactate Production by CYB2 Gene Disruption in a Recombinant Saccharomyces cerevisiae Strain under Low pH Condition，Aki Ookubo, Takashi Hirasawa, Katsunori Yoshikawa, Keisuke Nagahisa, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu,，Bioscienece, Biotechnology and Biochemistry，Vol. 72, 3063-3066，2008年11月，学術論文
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Analysis of fluctuation in protein abundance without promoter regulation based on Escherichia coli continuous culture.，Yamada, T., Furusawa, C., Nagahisa, K., Kashiwagi, A., Yomo, T., and Shimizu, H.，BioSystems，90 (3): 614-622，2007年11月，学術論文
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Corynebacterium glutamicumのゲノムスケール代謝解析システムの開発，新福 洋平、園 雅博、古澤 力、清水 浩，日本生物工学会、平成19年度大会要旨集，2007年09月，会議報告/口頭発表
