論文

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  1. Analysis of fluctuation in gene expression based on continuous culture system，Tadashi Yamada, Makoto Sadamitsu, Keisuke Nagahisa, Akiko Kashiwagi, Chikara Furusawa, Tetsuya Yomo, and Hiroshi Shimizu，Biologically Inspired Approaches to Advanced Information Technology, LNCS，3853，2006年01月，国際会議（proceedingsあり）

  2. Metabolic flux control analysis of branch points: an improved approach to obtain flux control coefficients from large perturbation data,，Joseph J. Heijnen; Walter M. van Gulik; Hiroshi Shimizu; and Gregory Stephanopoulos，Metabolic Engineering，6(4), 391-400，2004年10月，学術論文

  3. Clustering gene expression pattern and extracting relationship in gene network based on artificial neural network，Jihua Huang, Hiroshi Shimizu, and Suteaki Shioya，Journal of Bioscience and Bioengineering, 95(5), 421-428，95(5), 421-428，2003年12月，学術論文

  4. Metabolic Engineering -integrating methodologies of molecular breeding and bioprocess systems engineering，Hiroshi Shimizu，J. Bioscience and Bioengineering, 94(6), 563-573，94(6), 563-573，2002年12月，学術論文

  5. Multivariable Control of Alcohol Concentrations in the Production of Polyhydroxyalkanoates, PHAs, by Paracoccus denitrificans，Suchada Chanprateep, Naoya Abe, Hiroshi Shimizu, Tsuneo Yamane, and Suteaki Shioya，Biotechnology & Bioengineering/74/2/116-124，74/2/116-124，2001年07月，学術論文

  6. Nisin Production by a Mixed Culture System Consisting of {\it Lactococcus lactis} and {\it Kluyveromyces marxianus}，Hiroshi Shimizu, Taiji Mizuguchi, Eiji Tanaka, and Suteaki Shioya，Applied and Environmental Microbiology, Vol.~65, pp.~3134-3141，Vol.~65, pp.~3134-3141，1999年07月，学術論文

  7. Experimental Determination of Group Flux Control Coefficients in Metabolic Network，Troy W. Simpson (Massachusetts Institute of Technology), Hiroshi Shimizu, and Gregory Stephanopoulos (Massachusetts Institute of Technology)，Biotechnology and Bioengineering, Vol.~58, No.~2 \& 3, pp.~149-153，3, pp.~149-153，1998年04月，学術論文

  8. 大腸菌の実験室進化によるエタノールストレス環境下への適応過程における網羅的解析，堀之内 貴明，鈴木 真吾，小野 直亮，玉岡 邦康，平沢 敬，四方 哲也，清水 浩，古澤 力，2011年11月，会議報告/口頭発表

  9. Comprehensive analysis of evolution dynamics in Escherichia coli from parallel experimental evolutions under ethanol stress condition.，Takaaki Horinouchi, Shingo Suzuki, Naoaki Ono, Kuniyasu Tamaoka, Takashi hirasawa, Tetsuya Yomo, Hiroshi Shimizu, Chikara Furusawa，2011年10月，国際会議（proceedingsあり）

  10. Engineering strategy of yeast metabolism for higher alcohol production，Fumio Matsuda, Chikara Furusawa, Takashi Kondo, Jun Ishii, Hiroshi Shimizu, and Akihiko Kondo，Microbial Cell Factories，10(1), 70，2011年09月，学術論文

  11. 大腸菌エタノール耐性進化株の次世代シーケンサを用いた全ゲノム解析，小野直亮, 堀之内貴明, 玉岡邦康, 鈴木真吾, 平沢敬, 古澤力, 四方哲也, 清水浩，第63回日本生物工学会大会，2011年09月，会議報告/口頭発表

  12. シアノバクテリアを用いた物質生産に向けたゲノムスケール代謝モデルによる代謝予測，吉川勝徳, 小嶌悠太, 仲嶋翼, 古澤力, 平沢敬, 清水浩，第63回日本生物工学会大会，2011年09月，会議報告/口頭発表

  13. 有用微生物創製を目指した代謝フラックス解析-in vivo代謝観測システムとin silico代謝予測システム，平沢敬, 吉川勝徳, 古澤力, 清水浩，第63回日本生物工学会大会ワークショップ「バイオアナリシスの現状と未来」，2011年09月，会議報告/口頭発表

  14. 異なる栄養条件下でのシアノバクテリアの網羅的遺伝子発現解析，小川健一, 吉川勝徳, 仲嶋翼, 平沢敬, 古澤力, 清水浩，第63回日本生物工学会大会，2011年09月，会議報告/口頭発表

  15. エタノールストレス環境下の進化実験により得られた大腸菌のゲノムワイドな変異解析と遺伝子発現解析，堀之内貴明，玉岡邦康，古澤力，小野直亮，鈴木真吾，平沢敬，四方哲也，清水浩，2011年09月，会議報告/口頭発表

  16. 細胞共生ネットワークの自発的形成メカニズム，古澤力, 伊地智厚太, 清水浩，電子情報通信学会論文誌，J94-D, 3, 614-622，2011年03月，学術論文

  17. 代謝フラックス解析のための汎用性の高いプログラムの開発，梶畠秀一, 古澤力, 清水浩，日本農芸化学会大会2011年度大会，2011年03月，会議報告/口頭発表

  18. 遊離アミノ酸の13C濃縮度に基づく大腸菌フラックス解析，森英詞, 古澤力, 清水浩，日本農芸化学会大会2011年度大会，2011年03月，会議報告/口頭発表

  19. 人工進化工学と網羅的遺伝子発現情報解析によるストレス耐性細胞の創製，堀之内貴明、玉岡邦康、古澤力、小野直亮、鈴木真吾、平沢敬、四方哲也、清水浩，化学工学会 第76年会，2011年03月，会議報告/口頭発表

  20. コリネ型細菌によるグルタミン酸生産におけるOdhIタンパク質の役割，平沢敬, Jongpill Kim, 古澤力, 清水浩，日本農芸化学会大会2011年度大会，2011年03月，会議報告/口頭発表

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